公司内部翻墙软件存在的问题，通常涉及文件无法访问、访问速度慢、文件存储错误、权限问题以及网络不稳定等问题。为了有效解决这些问题，可以从以下几个方面进行管理

1. 明确翻墙需求：确定哪些文件需要翻墙，哪些不需要,确保翻墙操作的准确性。

2. 建立翻墙日志：记录每次翻墙的开始时间和结束时间,便于排查和修复。

3. 内部防火墙支持：使用公司内部防火墙,确保翻墙操作的安全性。

4. 权限管理：设置正确的翻墙权限,确保只有公司内部人员进行翻墙操作。

5. 翻墙后文件管理：使用自动修复功能或手动删除翻墙后文件,确保数据安全。

6. 文件系统支持：支持跨部门使用云存储,提高灵活性。

7. 系统稳定性检查：定期检查网络连接和硬件配置,确保内部网络稳定。

8. 培训与维护：定期培训员工，了解翻墙操作，维护翻墙软件,保持稳定性。

通过以上方法，可以有效管理公司内部翻墙软件,确保数据安全和系统稳定运行。